Receptor填入: 標靶蛋白的pdbqt檔案位置
Conf file填入: vina的設定檔位置
Ligands填入: Ligand 的"目錄", 該目錄可能有數千數萬個 ligand的 pdbqt
然後, 按下start. 接著就等完成,
完成後桌面會有一個result.zip
內容有
1. csv一個, 可以配合libreoffice等等軟件去做能量排序等等你想的到的工作. 內容依序為
receptor;ligand;mode;affinity; dist from rmsd l.b.;best mode rmsd u.b等等的vina 輸出.
2.結合的pdbqt,log , 可以找對應的去作分析, 基本上就是vina產生的結果
後面是個conf file的範例 事實上安裝包內也有
位於C:\vinavs\example 內容如下
center_x = 11
center_y=90.5
center_z=57.5
size_x = 22
size_y = 24
size_z = 28
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